L'institution du préfet, représentant de l'Etat dans chaque département, date de la Loi du 28 pluviôse an VIII (17 février 1800). Les quatre grandes missions qui marquent cette institution sont de :
- veiller au maintien de l'ordre public et à la sécurité des biens et des personnes ; permettre l'exercice de droits et libertés des citoyens ; faire appliquer la réglementation ;
- contrôler les collectivités locales (à des degrés variables) ;
- mettre en oeuvre et coordonner les politiques du gouvernement à l'échelon local ; gérer et répartir les dotations et subventions de l'Etat au plan local ;
- fournir à l'Etat les informations locales nécessaires pour gouverner le pays.
Pour ce faire, il doit s'assurer de l'application, au niveau local, de l'ensemble de la réglementation établie au niveau central.
Parmi ses missions, le préfet –via le Service de l’Immigration et de l’Intégration- réglemente les libertés publiques, notamment la délivrance des titres d'entrée et de séjour des étrangers, et les demandes d’accès à la nationalité française. L’obtention des titres de séjours diffère selon la nationalité du demandeur :
- les Algériens et les Tunisiens dépendant des accords bilatéraux, qui ont une valeur supérieure à celle des lois et des règlements (d’après l’article 55 de la Constitution).
- les autres ressortissants dépendent de l’ordonnance de 1945 régissant l’entrée et les séjours des étrangers en France.
- les ressortissants de l’Union européenne bénéficient d’une différence de traitement mais il existe des disparités aussi entre le traitement des pays anciennement intégrés à l’UE et les nouveaux arrivants.
Les titres de séjour sont accordés pour différentes durées : autorisation de séjour de 6 mois, renouvelable, 1 an renouvelable avec la mention « pour salarié », « visiteur », « étudiant », « commerçant artisan » « agriculteur » « industriel », « scientifique », « artiste interprète », « vie privée et familiale », 3 ans pour les « talents étrangers » ou scientifiques (depuis 2006), 10 ans renouvelables de plein droit, etc. Le préfet peut également accorder un titre de séjour à des demandeurs d’asile, qui souhaitent se voir
reconnaître le statut de réfugié. Si un étranger résidant en France souhaite se voir attribuer la nationalité française, il dépose une demande de naturalisation, par déclaration (mariage avec un ressortissant français) ou par décret.
Pour les demandes de naturalisation par décret, c’est le ministère de l’Intérieur qui prend la décision, sur proposition du préfet.